Powstanie Fundacji imienia Adama Werki zostało poprzedzone innym niezmiernie ważnym wydarzeniem. Z inicjatywy i dzięki staraniom ówczesnego dyrektora Muzeum Marynarki Wojennej (MMW) w Gdyni – Lecha Trawickiego w czerwcu 2016 roku w tym właśnie muzeum zorganizowano pierwszą indywidualną wystawę marynistycznych prac Adama Werki. Trwająca rok ekspozycja, której kuratorem był Lech Trawicki, była zatytułowana „Wielkie dni małej floty w malarstwie Adama Werki”. Wydano też piękny katalog wszystkich prezentowanych prac oraz 24 pocztówki polskich okrętów, a także kalendarze ścienne na rok 2016 i 2018. Prowadzone rozmowy i dyskusje z gronem osób zaangażowanych w organizację wystawy, w tym z kierującą w owym czasie Działem Edukacji i Promocji MMW Tatianą Baczyńską wskazywały na konieczność utworzenia jakiegoś formalno-prawnego ciała, które byłoby odpowiedzialne za promowanie twórczości Adama Werki. I tak za radą Lecha Trawickiego i dzięki pomocy szeregu innych osób, w tym Andrzeja Przybylskiego, w marcu 2017 roku syn Adama Werki – Tomasz podjął decyzję o powołaniu Fundacji imienia Adama Werki. Jej Prezesem stała się żona Tomasza – Joanna Werka. W skład Rady Fundacji, poza Tomaszem i Joanną, wchodzą dwie wnuczki Adama Werki – Marta Werka-Majsak oraz Agata Rybicka. Członkiem Rady jest także Lech Trawicki. W zgodzie z wcześniejszym postanowieniem podjętym przez najbliższą rodzinę Adama Werki, dziedziczką całej spuścizny artystycznej malarza została jego młodsza wnuczka – Marta. Jest ona również administratorką utworzonego na Facebooku profilu, w którym zamieszczane są informacje o bieżących wydarzeniach i przedsięwzięciach Fundacji.

Celem Fundacji im. Adama Werki jest opieka nad artystyczną spuścizną malarza oraz dbałość o zachowanie jej w możliwie kompletnym i nienaruszonym stanie dla przyszłych pokoleń. Do zadań tej organizacji należy także możliwie najszersze upowszechnianie wiedzy o artystycznym dorobku malarza.

W ciągu kolejnych lat Fundacja stała się inicjatorem oraz współorganizatorem dwóch tematycznie różnych serii wystaw, które poświęcono marynistyce Adama Werki. Jedna, zatytułowana „Wielkie dni małej floty w malarstwie Adama Werki” przedstawia udział polskiej Marynarki Wojennej w zmaganiach podczas II wojny światowej. Druga – pt. „Żaglowce w malarstwie Adama Werki” jest poświęcona dawnym i współczesnym jednostkom żaglowym. Kuratorem obu cyklów wystaw jest nieodmiennie Lech Trawicki. Do tej pory zostały one przedstawione w 11 polskich miastach, głównie w muzeach oraz domach kultury.   

W ramach działalności promocyjnej w lipcu 2021 roku, z inicjatywy Fundacji, Poczta Polska wydała zestaw filatelistyczny: 3 znaczki i 3 koperty z pierwszymi polskimi transatlantykami „Polonia”, „Kościuszko” i „Pułaski”. Wykorzystano w nich obrazy malarza oraz ryciny autorstwa Marka Twardowskiego z sylwetkami owych transatlantyków. W roku 2023 ukazał się drugi zestaw filatelistyczny z kolejnymi statkami pasażerskimi „Piłsudski”, „Batory” i „Sobieski”, a także folder reklamujący znaczki z tej serii. Następnie w 2024 roku ukazała się ostatnia seria polskich transatlantyków, gdzie na znaczkach pokazano obrazy Adama Werki takie jak „Stefan Batory”, „Chrobry” i „Jagiełło”. Ponadto Fundacja prowadzi sprzedaż bardzo starannie wydanych reprodukcji obrazów artysty. Są to faksymile w formacie A4 lub A3. Prowadzona jest także dystrybucja magnesów z pracami Adama Werki.